Nathan 'Rad' Spencer regresa al mundo de los videojuegos mejorado biónicamente. 20 años después de la primera secuela del clásico original de 1988, Bionic Commando vuelve a la carga.

El tiempo no ha tratado bien a Spencer. Diez años después de enfrentarse heroicamente a los Imperiales, fue traicionado por el gobierno y sentenciado a muerte por delitos que no había cometido.

Pero entonces, unos terroristas detonaron un arma experimental de alto alcance en Ascension City, provocando un intenso terremoto que ha reducido la ciudad a escombros, ha diezmado la población y ha puesto la defensa aérea de la ciudad en manos de una fuerza terrorista importante. Solo queda una opción, un ataque furtivo por parte de un Comando biónico.